Het onderzoek van de Radboud Universiteit is ondergebracht in onderstaande onderzoeksinstituten:
- Research Institute for Philosophy, Theology and Religious Studies
- Radboud Institute for Culture & History
- Onderzoekcentrum Onderneming en Recht
- Onderzoekcentrum voor Staat & Recht
- Institute for Management Research
- Radboud Social Cultural Research
- Centre for Language Studies
- Behavioural Science Institute
- Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour
- Radboud Institute for Molecular Life Sciences
- Radboud Institute for Medical Innovation
- Institute for Biological and Environmental Sciences
- Institute for Molecules and Materials
- Institute for Mathematics, Astrophysics and Particle Physics
- Institute for Computing and Information Sciences
Andere onderzoekseenheden
Naast de bovengenoemde onderzoeksinstituten vindt onderzoek plaats in de volgende eenheden:
- Centrum voor Parlementaire Geschiedenis
- KASKI (religie en samenleving)
- Institute for Science in Society
- Radboud Docenten Academie
Op de campus van de Radboud Universiteit is ook het Max Planck Institute for Psycholinguistics gevestigd.